Mise à jour sur le redémarrage de ARP WCG
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Le projet ARP redémarrera le lundi 4 novembre, après la pause technique entamée en décembre 2022.
Contexte
Le projet Africa Rainfall Project (ARP) vise à simuler les tempêtes de pluie en Afrique subsaharienne afin d'améliorer les prévisions météorologiques régionales. L'objectif est de réaliser une simulation météorologique à haute résolution (1 km) pour l'ensemble de la région sur une période d'un an. La fourniture de prévisions météorologiques précises est cruciale pour l'autosuffisance de la communauté agricole locale. En comparant les résultats obtenus par le calcul des données pluviométriques provenant de diverses sources à l'aide du World Community Grid, les scientifiques peuvent créer des prévisions de plus en plus précises, améliorer les simulations futures et, par conséquent, les prévisions météorologiques.
En décembre 2022, le projet a été mis en pause technique en raison des limites de capacité de son système de stockage, hébergé au sein de l'installation nationale de calcul de haute performance aux Pays-Bas. Pour en savoir plus sur les détails de cette limitation de stockage et sur les mesures détaillées nécessaires pour relancer le projet, veuillez consulter notre précédente mise à jour d'avril.
Mise à jour du redémarrage de l'ARP
Auparavant, l'équipe ARP hébergeait sur ses serveurs à TU Delft tous les scripts, données et applications compilées nécessaires à la préparation des entrées pour les nouvelles unités de travail. L'équipe ARP mettait ces nouvelles données à notre disposition pour téléchargement, afin que nous puissions préparer la prochaine génération d'unités de travail et les indexer dans BOINC. Les résultats des unités de travail achevées qui nous ont été envoyés par des volontaires, puis par nous à l'Université de Delft, étaient nécessaires mais pas suffisants pour préparer la prochaine génération d'unités de travail. Une série d'étapes de prétraitement faisant référence aux données météorologiques originales et aux données de température de surface doit être exécutée, et c'est ce pipeline qui est maintenant hébergé sur les serveurs du WCG afin de redémarrer ARP1 après que l'équipe ARP a aimablement fourni tout le code de script et les données, ainsi qu'une documentation utile. En conséquence, le WCG est maintenant en meilleure position pour travailler avec les équipes scientifiques de modélisation météorologique à l'avenir. Nous avons également discuté d'une éventuelle extension à une version GPU du logiciel WRF avec notre expert scientifique principal, Lloyd A Treinish.
Chaque sous-problème du projet ARP1 envoyé aux volontaires en tant qu'unité de travail est différencié des autres sous-problèmes par l'emplacement et le temps. Chaque unité de travail simule le temps dans une sous-région appelée domaine, et il y a 35 609 domaines qui se chevauchent, totalisant la région subsaharienne pour laquelle nous simulons le temps avec l'application Weather Research Forecasting (WRF) du NCAR. Chacun de ces domaines, afin d'être complété en un temps raisonnable sur les appareils des volontaires, simule le temps en « générations » qui sont simplement des incréments de 48h, étiquetés de 000 à 183, qui totalisent une année de simulation météorologique pour la région.
Étant donné que la sortie de la génération précédente est utilisée comme entrée pour la génération suivante, la frontière doit finalement se synchroniser dans tous les domaines pour que le calcul global progresse. Certains domaines peuvent être à la traîne, et certains groupes de domaines suffisamment éloignés les uns des autres peuvent générer certaines des entrées des générations suivantes sans attendre que leurs voisins lointains les rattrapent. Dans le passé, nous avons perdu la sagesse d'une génération précédente, mais il est possible de redémarrer la simulation à partir des conditions initiales ou d'un point de contrôle et nous attribuerions généralement une priorité plus élevée à ces unités de travail dans BOINC jusqu'à ce qu'elles aient rattrapé leur retard.
Figure 1. Progrès de la simulation des prévisions météorologiques pour chaque sous-région de l'Afrique subsaharienne. La date de début de la simulation d'un an est le 2018-07-01 et se terminera lorsque les données auront été calculées pour le 2019-06-30.
Nous sommes maintenant en mesure d'utiliser les résultats que nous avons accumulés pendant la transition du stockage à l'Université de Delft et de recommencer à générer les entrées de la prochaine génération d'unités de travail ARP1. Dans la plupart des cas, nous pourrons reprendre là où nous nous étions arrêtés à la génération précédente (dont la majeure partie se situe entre 130 et 140) et, au fil du temps, grâce à l'automatisation complète des scripts, nous pourrons préparer un flux régulier d'unités de travail ARP1.
Merci à l'équipe ARP pour son partenariat continu avec le WCG. Merci à tous les volontaires qui ont aidé à traiter la première phase du projet, et merci d'avance à tous ceux qui nous aideront à mener à bien le projet ARP.
L'équipe WCG
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Mise à jour sur le redémarrage de l'ARP
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L'équipe de l'ARP se prépare à redémarrer le projet qui a été mis en pause en décembre 2022. Cet article décrit les étapes que nous suivons pour redémarrer ce projet.
Projet : Africa Rainfall Project
Publié le : 25 avr. 2024
Contexte
Le projet Africa Rainfall Project (ARP) vise à simuler les tempêtes de pluie en Afrique subsaharienne afin d'améliorer les prévisions météorologiques régionales. L'objectif est de réaliser une simulation météorologique à haute résolution (1 km) pour l'ensemble de la région sur une période d'un an. La fourniture de prévisions météorologiques précises est cruciale pour l'autosuffisance de la communauté agricole locale. En comparant les résultats obtenus par le calcul de données pluviométriques provenant de diverses sources à l'aide du World Community Grid, les scientifiques peuvent créer des prévisions de plus en plus précises, améliorer les simulations futures et, à leur tour, les prévisions météorologiques. Pour en savoir plus sur ce projet, consultez notre mise à jour de mars 2022.
En décembre 2022, le projet a été mis en pause en raison des limites de capacité de leur système de stockage. Pour en savoir plus sur les détails de cette limitation de stockage, veuillez consulter la mise à jour de l'ARP de mars 2023. Comme nous l'avons indiqué dans une mise à jour de juillet 2023, une partie de ce défi était liée au fait que le soutien au stockage de l'équipe ARP par SURF, l'association coopérative des établissements d'enseignement et de recherche néerlandais, était arrivé à son terme. Heureusement, Amazon Web Services (AWS) a accepté d'héberger les données, et c'est ainsi qu'a commencé le processus de transfert des données. Depuis que le transfert est terminé, l'équipe de l'ARP a pris des mesures pour rendre les données plus largement accessibles via la plateforme AWS, mais ce travail n'en est qu'à ses débuts. Actuellement, l'accent est mis sur la finalisation de la préparation des nouvelles unités de travail et sur la production des données nécessaires
Mise à jour sur le redémarrage de l'ARP
Nous avons commencé à travailler sur la reprise de l'envoi des unités de travail ARP1 aux volontaires. Nos partenaires de recherche à TU Delft nous ont déjà envoyé la plupart des scripts et de la documentation nécessaires, que nous avons examinés et mis en œuvre localement. Nous attendons actuellement de savoir si nous recevrons directement le reste des données et du code d'application nécessaires, ou si nous devrons reproduire ces composants à partir de la documentation fournie par l'équipe de la TU Delft. Nous avons estimé que les deux approches sont réalisables et nous voulions informer les volontaires que nous sommes sur la bonne voie pour redémarrer ARP1 dans les semaines à venir.
Le calendrier d'un éventuel redémarrage de ce projet dépend des informations fournies par l'équipe ARP. Si le code et les données nécessaires ne sont pas entièrement disponibles, nous devrons construire les composants manquants du pipeline pour générer de nouveaux travaux ARP1 et confirmer que nous sommes en mesure de reproduire les mêmes entrées que celles que nous avons précédemment reçues des serveurs de TU Delft pour valider le nouveau pipeline. Quoi qu'il en soit, il n'y aura aucun changement et aucune action ne sera requise de la part des volontaires pour faciliter le processus et, lorsque ARP1 redémarrera, la distribution des unités de travail sera la même qu'auparavant.
Figure 1. Un exemple d'unité. Chaque unité comprend trois domaines imbriqués (à sens unique) avec une résolution respective de 9 km, 3 km et 1 km.
Merci à l'équipe de l'ARP pour son partenariat continu avec le WCG. Si vous avez des questions ou des commentaires, n'hésitez pas à les laisser dans ce fil de discussion pour que nous puissions y répondre.
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Votez pour BOINC !! (date limite dimanche 31/03/2024)
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- Écrit par : JeromeC
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BOINC est finaliste pour un prix important et a besoin de votre vote (*avant dimanche) :
Contexte : Le Sommet mondial sur la société de l'information (WSIS) est une initiative parrainée par les Nations unies visant à exploiter le potentiel des technologies de l'information et de la communication pour construire des sociétés de l'information inclusives et équitables dans le monde entier. BOINC a été nominé pour un prix au forum 2024 et a passé les premiers obstacles ; la prochaine et dernière étape ("Phase 3") requiert des votes publics. Le prix serait un très bon coup de pouce et une validation pour BOINC et tous nos projets ; si nous parvenons à faire voter nos communautés, nous devrions avoir une bonne chance à ce stade...
Le vote est très simple, il ne prend que quelques minutes ; les instructions sont ici. [in English]
(*La date limite pour les votes est dimanche : 31 mars 2024, 23:00 UTC+02:00)
Source : https://lhcathome.cern.ch/lhcathome/forum_thread.php?id=6129&postid=49840#49840
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WCG Concours "Computation Moonshot"
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Nous sommes heureux d'annoncer un concours encourageant les lycéens à s'initier à la science des données et au calcul distribué en utilisant BOINC et World Community Grid.
Comme nous l'avons souligné dans notre lettre d'information d'octobre 2023, nous avons travaillé à l'établissement d'un lien plus fort avec les écoles secondaires. Nous sommes heureux d'annoncer un concours encourageant les lycéens à apprendre la science des données et le calcul distribué en utilisant BOINC et World Community Grid.
Le concours, Computation Moonshot, vise à ce que les étudiants contribuent à des résultats réels et utiles pour les chercheurs dans une atmosphère de compétition passionnante. Le concours est organisé par The Science Commons Initiative et se déroulera du 25 mars au 7 mai 2024. Bien que le concours principal soit ouvert à toutes les écoles secondaires des États-Unis et à leurs élèves, nous espérons qu'il suscitera un intérêt mondial. Des prix seront décernés à l'école ayant le plus grand nombre de contributeurs actifs, à l'école ayant contribué au plus grand nombre d'heures de traitement et à l'école ayant le plus grand nombre de contributeurs actifs par rapport au nombre d'élèves. Les prix vont de l'équipement scientifique aux cartes-cadeaux en passant par les bourses d'études.
Ce concours n'est pas le premier concours de calcul en grille organisé sur le WCG. En 2019, la Stockholm Science and Innovation School en Suède a organisé une compétition entre 5 équipes, contribuant à plus de 25 années CPU et 45 945 résultats en un mois pour les projets MCM et MIP. Une autre de nos écoles secondaires partenaires, la Sisler High School au Canada, a participé à Compute for the Cure 2021, un concours de dons MCM de deux semaines, renvoyant 52 392 résultats et obtenant la deuxième place du concours. L'école a également organisé ses propres concours au sein de l'établissement. Les deux écoles secondaires ont fait remarquer que les concours constituaient une occasion d'apprentissage précieuse pour les élèves et un moyen passionnant de les motiver à l'égard de l'informatique distribuée. Le groupe croissant de nos partenaires lycéens comprend la Boca Raton Community High School, qui a créé un club WCG et élargit le programme des sciences en apprenant les projets WCG, la programmation et le calcul à haute performance.
Nous attendons avec impatience le concours Computation Moonshot et les possibilités qu'il offrira d'enrichir l'apprentissage des élèves. L'inscription à ce concours est désormais ouverte. Pour plus d'informations sur le concours et les modalités d'inscription, veuillez consulter le site web Computation Moonshot.
Publié le : 22 févr. 2024
Source : https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=808
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SiDock@home : Votez pour la prochaine cible !
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- Écrit par : JeromeC
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Chers tous, nous avons obtenu des résultats pour différentes cibles du SARS-CoV-2. Les calculs se poursuivent et nous souhaitons vous demander votre avis sur la prochaine cible. Vous pouvez voter pour l'une d'entre elles jusqu'au 5 février 2024.
Études complémentaires sur la protéase principale du SRAS-CoV-2 (3CLpro)
Il s'agit d'une cible thérapeutique cruciale contre le SRAS-CoV-2. La 3CLpro (protéase à cystéine ; EC 3.4.22.69) en particulier est cruciale pour le clivage des polyprotéines du coronavirus afin de former des protéines non structurelles matures qui sont elles-mêmes essentielles pour les mécanismes de réplication virale. Nous avons encore besoin de beaucoup de recherches sur cette cible pour mettre au point de nouveaux inhibiteurs plus puissants.
Glycoprotéine (GP) du virus Ebolavirus
Le virus Ebola est un agent pathogène dangereux pour l'homme et cette cible pourrait être un cas d'étude parfait pour un scénario de conception de médicaments de type PPI. La glycoprotéine (GP) de l'EBOV est la seule protéine exprimée à la surface du virion et est essentielle pour l'attachement aux cellules hôtes et la catalyse de la fusion membranaire.
Coronavirus du syndrome de diarrhée aiguë du porc (SADS-CoV PLpro)
Cette cible nous permettrait d'étudier la conception de plusieurs cibles virales apparentées. Le coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë chez le porc (SADS-CoV), un coronavirus entérique récemment apparu, est considéré comme associé au syndrome de la diarrhée aiguë chez le porc (SADS), qui a entraîné des pertes économiques considérables pour l'industrie porcine. L'agent pathogène présente un potentiel de saut d'hôte.
Source : https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=268#2176
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Enquête BOINC 2023
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BOINC Census 2023
Welcome to the BOINC Census for 2023!
L'enquête BOINC 2023 menée par thesciencecommons.org ça se trouve ici.
5-10mn max pour le remplir et des résultats fort intéressants pour la communauté.
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